卡勒姆·林奇(邁克爾·法斯賓德 飾)在死刑即將執(zhí)行之前清醒過(guò)來(lái),發(fā)現(xiàn)他被索菲婭(瑪麗昂·歌迪亞 飾)選中,來(lái)參加一個(gè)能讓人類擺脫暴力沖動(dòng)的計(jì)劃。虛擬現(xiàn)實(shí)機(jī)器Animus能讓用戶體驗(yàn)祖先的記憶,被綁在機(jī)器上之后,卡勒姆·林奇意識(shí)到他是生活在西班牙宗教法庭時(shí)期一位刺客阿圭拉的后裔,他們尋找的是可以控制自由意志的伊甸園蘋果。索菲婭在父親艾倫(杰瑞米·艾恩斯 飾)施加的壓力下不情愿地操縱著卡勒姆·林奇回到過(guò)去尋找伊甸園蘋果在現(xiàn)代世界的下落,威脅著他身體和心理的健康。但在殺手同行穆薩(邁克爾·威廉姆斯 飾)暗示了卡勒姆·林奇,提醒他艾倫有可能動(dòng)機(jī)不純之后,卡勒姆·林奇開(kāi)始重新考慮他的行為和動(dòng)機(jī),而人類自由意志的命運(yùn)也變得懸而未決……